Muzeum powstało w zabytkowym klasztorze podominikańskim w Sejnach. Udało się stworzyć cztery wystawy stałe oparte na materiałach multimedialnych, które tworzą cykl Muzeum Kresów Wschodnich.
Cztery wystawy stałe oparte są na materiałach multimedialnych. Są to następujące wystawy:
- "Historia Kresów Wschodnich" – opowiadająca o historycznych ziemiach wschodnich dawnej Rzeczypospolitej i ich mieszkańcach;
- "Wielokulturowość Kresów Wschodnich" – ukazująca wzajemne relacje kulturowe oraz religijne między przedstawicielami różnych grup narodowych, etnicznych i wyznaniowych w regionie;
- "Ludzie Kresów Wschodnich" – prezentująca opowieść o znanych i nieznanych obywatelach Kresów i ich wpływie na dzisiejszy obraz kultury, literatury, nauki
- "Mitologia Kresów Wschodnich" – ukazująca nie tylko mity, ale także ich recepcję w sztuce, literaturze, myśli politycznej oraz pamięci historycznej.
W ramach projektu przygotowano także interaktywne scenariusze lekcji muzealnych, które poprzez interakcje będą edukowały zarówno dzieci, jak i dorosłych. Scenariusze zawierają elementy warsztatów, gry terenowej, rywalizacji i design thinking.
Projekt pn. "Ochrona i rozwój dziedzictwa kulturowego poprzez remont zabytkowego obiektu oraz jego adaptację na potrzeby utworzenia Muzeum Kresów Rzeczypospolitej Obojga Narodów w Sejnach" realizowano w latach 2017-2023. Jego całkowity koszt wyniósł prawie 23,5 mln zł. Dzięki decyzji Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego Parafia Rzymskokatolicka p.w. Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny w Sejnach otrzymała dofinansowanie w ramach POIiŚ w wysokości prawie 20 mln zł.
Projekt objął odrestaurowanie zabudowań klasztoru podominikańskiego poprzez: wykonanie robót budowlanych oraz prac konserwacyjnych i renowacyjnych. Zakupione zostało także wyposażenie do prowadzenia działalności kulturalnej i edukacyjnej.
Klasztor dominikański w Sejnach zbudowano w latach 1619-1706. Renesansowy gmach dawnego klasztoru od zachodniej strony przylega do Bazyliki Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny. Jego masywne mury, zwieńczone w narożnikach okrągłymi basztami przykrytymi hełmami przypominają w założeniu zamek magnacki. Obecnie w obiekcie mieszczą się m.in. Muzeum Diecezji Sejneńskiej, Muzeum Etnograficzne Ziemi Sejneńskiej, sale etnograficzne rodziny Kubraków, muzeum malarstwa sakralnego, a także wystawy lokalnych artystów i fotografów.
